Війська німецько-фашистських загарбників почали масово наступати уздовж чорноморського північного узбережжя 6 серпня 1941 року. Їм вдалося відокремити дорогу між Миколаєвом та Одесою, повністю розділивши їх. Більше на mykolaiv-yes.com.ua.
Окупація як вона є

Після перших атак Вермахту місто не втрималося. Декілька радянських армій було повністю розбито. По миколаївських магазинах пройшла хвиля погромів. В Миколаєві почалася паніка. 17 серпня місто зайняли нацисти. 16 вересня на міському кладовищі було знищено понад 3500 євреїв.
Центр міста відтоді належав рейхскомісаріату України. Правобережжя Південного Бугу перейшло румунському губернаторству Трансністрія. Поліційний штаб та судовий департамент окупантів було розміщено в самому місті та повною мірою проводили репресії проти простих миколаївців. За цю брудну та нелюдську справу із задоволенням також бралися кати з СС та війська української допоміжної поліції. Евальд Опперман був призначений гітлерівським командуванням генкомісаром міста. Вже після звільнення Миколаєва з’ясувалося, що під час окупації в області фашисти закатували та вбили близько 75 тисяч мирних миколаївців. Було вбито понад тридцять тисяч військовополонених. Про заплановану програму по ліквідації євреїв також свідчать жахливі дані: за один раз нацисти жорстоко вбили 10 тисяч осіб недалеко від головної дороги на Херсон. Вбивці не дали шансів ані старим, ані малим. Вбили всіх, кого тоді знайшли. Орієнтовано до 50 тисяч осіб гітлерівці забрали в рабство. За роки окупації населення Миколаївщини втричі скоротилося.
… Також особливо треба відзначити румунських нацистів, які активно допомагали німцям знищувати та катувати миколаївців. Їхня зона окупації була розташована біля села Богданівка. Там румуни створили концтабір, в якому лише наприкінці 1941 року було вбито близько 55 тисяч осіб. Це масове жорстоке вбивство було своєрідним «подарунком» Сталіну до його дня народження. Туди, у Доманівський район, привозили євреїв навіть з Румунії. Загальна кількість вбитих тут складає близько 120 тисяч осіб.
Підпілля

Нацистська окупація Миколаївщини тривала з 1941 по 1944 рр. За ці жахливі роки тут було створено понад 100 підпільних організацій, загонів партизан та радянських розвідників-диверсантів. Підривали діяльність нацистів члени опору, кількість яких сягала близько 25 тисяч осіб. «Миколаївський центр» — організація, яка об’єднала понад 1 тисячу миколаївських патріотів, що були готові боротися проти окупантів. Очолював центр Віктор Лягін. Він знаходився на службі НКВС та був професійним розвідником. У 1941 році він розпочав свою розвідницьку діяльність у Миколаєві, передавав важливу інформацію щодо планів нацистів та організовував проти них диверсії, які були дуже значні за масштабами. Навесні 1943 року розвідника схопили та катували його аж цілих пів року. Нацисти хотіли, щоб Лягін здав своїх товаришів. Але Віктор тримався. У липні його розстріляли.

Віктору Лягіну було надано звання Героя Радянського Союзу посмертно.
Зрадники здали в Миколаєві 97 диверсантів та розвідників. 46 осіб з їх числа гітлерівці стратили. Серед таких були й піонери Вітя Хоменко та Шура Кобер. Ці хоробрі хлопці, переодягнені у мотлох, рушили через лінію фронту. Вони принесли вибухівку та рацію в місто. Але гітлерівські окупанти таки схопили партизанів та стратили через повішення. Юним героям було лише по 16 років.
Десант Ольшанського

Старший лейтенант Костянтин Ольшанський та 55 добровольців у березні 1944 року висадилися в порту, захопили варту та елеватор. Героїчний миколаївський десант із честю виконав свою місію. Дії військових навіки увійшли в історію Другої світової війни, як показник чоловічої хоробрості та доблесті. Проти десантників Ольшанського вийшли битися три гітлерівських батальйони. Вони мали посилене озброєння, артилерію й танки. Попри чисельну перевагу нацистів, «ольшанці» дві доби тримали оборону та відбивали атаки. Після останньої вісімнадцятої атаки нацистів залишилося в живих тільки одинадцять «ольшанців». Решта загинула разом з командиром загону. Героїчний десант Ольшанського знешкодив майже сімсот окупантів та знищив 2 танки. Завдяки подвигу морських піхотинців в порту на південно-східну частину міста прорвалися радянські війська. Понад добу тривали запеклі вуличні бої, після чого силами 28-ї та 5-ї ударної армій було повністю очищено Миколаїв від нацистських окупантів. Після звільнення обласного центру радянські війська зайняли західну частину миколаївського передмістя, що до цього знаходилися під окупацією румунських нацистів.
Судові процеси над нацистами
З 1946 року почалися запеклі судові процеси над фашистами, які влаштували терор та жорстоке кровопролиття миколаївців. Судили й військового коменданта Вінклера — генерала-лейтенанта, який був одним з катів та вбивць простих містян. Разом з ним судили есесівця Санднера, а також не уникнули правосуддя керівники жандармів та поліцаїв. Комісар Миколаєва Опперманн втік до Німеччини, але британці взяли його в полон. Помер у 1965 році.
Коли на допитах нацистських злочинців запитували, навіщо вони вбивали тих, хто ні в чому не винен, вони не знали, що відповідати. Сім засуджених з дев’яти були повішені. Місце страти — міська Базарна площа. За тим, як приводили у виконання вирок спостерігали понад шістдесят тисяч осіб.
Двоє злочинців, яким подарували життя, були засуджені на каторжні роботи терміном до 20 років. Їхня подальша доля невідома.